Nakon osmine finala Lige prvaka u Nyonu je održan i ždrijeb šesnaestine finala Europske lige koja je na rasporedu 8. i 15. ožujka iduće godine.
32 kluba su bila raspoređena na po 16 nositelja i nenositelja. Nositelji su 12 pobjednika skupina te četiri najbolje rangirana kluba na UEFA ljestvici koja su se priključila iz Lige prvaka gdje su u grupnoj fazi osvojili treće mjesto. Nenositelji su 12 klubova koji su u grupnoj fazi bili drugoplasirani te preostala četiri kluba koja se uključuju iz Lige prvaka.
U ždrijebu se nisu mogli međusobno sastati klubovi koji se igrali u istoj grupi, klubovi iz istih zemalja, a zbog političkih razloga nije dozvoljen međusobni okršaj ruskih i ukrajinskih klubova.
Ždrijebom koji je izvlačio Eric Abidal su određeni sljedeći parovi šesnaestine finala:
Borussia Dortmund – Atalanta
Nice – Lokomotiv Moskva
Kopenhagen – Atletico Madrid
Spartak Moskva – Athletic Bilbao
AEK – Dinamo Kijev
Celtic – Zenit
Napoli – RB Leipzig
Crvena Zvezda – CSKA Moskva
Lyon – Villarreal
Real Sociedad – Salzburg
Partizan – Viktoria Plzen
FCSB (Steaua) – Lazio
Ludogorec – Milan
Astana – Sporting Lisabon
Ostersunds – Arsenal
Olmpique Marseille – Braga