Nakon ždrijeba trećeg pretkola Lige prvaka u Nyonu je održan i ždrijeb za istu fazu natjecanja Europske lige u kojem su sudjelovala tri hrvatska kluba. Lokomotiva i Hajduk moraju potvrditi pozitivne rezultate iz prvih utakmica drugog pretkola protiv finskog RoPS-a i rumunjskoj CSMS Iasija, a Rijeka se tek sad uključuje u natjecanje.
Hajduk će ukoliko prođe rumunjskog predstavnika igrati s ukrajinskom Oleksandriyom. Prva utakmica se igra u Ukrajini.
Lokomotiva će u slučaju prolaska Finaca odmjeriti snage s ukrajinskom Vorskla Poltavom. Prvi susret bi se igrao u Zagrebu.
Rijeku je pak ždrijeb spojio s turskim İstanbul Başakşehirom. Prva utakmica se igra u Turskoj.
Prve utakmice trećeg pretkola su na rasporedu 28. srpnja dok su uzvrati 4. kolovoza.
Ždrijeb: